关于方孝孺的“诛十族”最早于祝枝山《野记》，一般认为非正史。《明史·方孝孺列传》记载是“丁丑，杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并夷其族”，意思是说明成祖杀了方孝孺父系一族，并未记载被灭十族，株连坐死八百四十七人（一作八百七十三人）等字眼。从《立斋闲录》的记载也可以看出，被杀的这些人都是方家父系这一系的，没有母系和妻系的人。与《明史》中记载的“（杀）方孝孺，并夷其族”可以相互印证[17]。
但崇祯年间的《宁海县志·方孝孺传》、《明史纪事本末》、明末乡贤大家黄宗羲的《方正学孝孺》、《文正方正学先生孝孺》等大量文献都记载他被灭了十族。另外，崇祯年间编纂的《熹宗实录》也记载了方孝孺被夷十族的故事，而且还记载了当年方孝孺的幼子被人救出，逃出生天，假借余姓延续方姓一脉，至天启二年，方孝孺十世孙伏阙上书以闻，得以赠恤的故事。
明遺民談遷所撰記載明朝歷史的編年體史書《國榷》卷十二記載，朱棣恐嚇方孝孺能誅殺方孝孺九族，但方孝孺不屈，因而朱棣戮其宗戚八百七十三人，此處用了戚字，指自己宗族以外的親族包括母系和妻系。至於第十族(門人)的情況，因方孝孺牽連而被殺的門人包括有都督廖鏞、太常寺少卿盧原質等人，其中部分門人例如盧原質也被族誅。
