每逢繁忙時間，香港仔隧道往灣仔、銅鑼灣、北角和海底隧道方向都會非常擠塞。因此隧道交通督導員會將隧道間歇性封閉（間封），在黃竹坑收費廣場禁止車輛通行以疏導隧道內的車輛，專利巴士亦獲准在隧道間封期間使用右線。另外在南區通往香港仔隧道的主要道路，如黃竹坑道、南朗山道、鴨脷洲大橋等都設有指示，於擠塞時提示司機使用其他道路。而香港仔入口有燈號提示駕駛者左線或右線有擠塞。
香港仔隧道是香港仔、鴨脷洲和黃竹坑往港島北的銅鑼灣、北角和兩條海底隧道主要道路，但香港仔隧道的擠塞並不是由於隧道容量不足造成，而是出口道路如紅隧、跑馬地、銅鑼灣、北角和告士打道的擠塞延伸至隧道內引致，因此擠塞問題沒有根本解決方法。有些司機會改用其他道路往返港島南北兩岸以避過塞車，巴士及專線小巴公司亦開辦不經隧道之路線，如經薄扶林道前往西隧的巴士路線供乘客選擇。
為防止香港海洋公園舊水上樂園於1999年結業當日爆發之香港海底隧道、東區海底隧道及銅鑼灣的擠塞情況重演，東區區議會及灣仔區議會在2006年11月計劃，2010年在東區走廊和堅拿道天橋架設電腦警告牌，以提示駕駛者改用英皇道、高士威道往來銅鑼灣及香港仔隧道，以減少出現擠塞的機會。
自從港鐵南港島綫在2016年12月底通車，不少南區居民改轉乘港鐵出入南區。香港仔隧道的車流量下降，間歇性封閉次數隨之減少。
歷年交通流量[12]
年份
總行車架次
平均每日行車架次
2022
20,971,529
57,456
2021
22,191,681
60,799
2020
20,641,936
56,399
2019
21,899,599
59,999
2018
21,973,697
60,202
2017
21,931,321
60,086
2016
23,294,366
63,646
2015
23,592,674
64,637
2014
23,432,795
64,199
2013
23,660,790
64,824
2012
23,778,592
64,969
2011
23,474,268
64,313
2010
22,956,524
62,895
2009
22,496,566
61,634
2008
22,462,073
61,372
2007
22,417,910
61,419
2006
21,806,117
59,743
2005
21,112,455
57,842
2004
21,072,895
57,576
2003
20,623,344
56,502
2002
21,279,371
58,300
2001
21,373,447
58,557
2000
21,161,583
57,819
1999
20,680,325
56,658
1998
21,115,079
57,850
1997
21,851,914
59,868
1996
21,885,178
59,796
1995
21,234,145
58,176
1994
20,743,425
56,831
1993
20,100,768
55,071
1992
18,789,222
51,334
1991
18,115,887
49,633
1990
18,544,037
50,806
1989
17,592,948
48,200
1988
16,705,632
45,644
1987
14,943,764
40,942
1986
13,587,289
37,225
1985
12,520,295
34,302
1984
12,262,144
33,503
1983
10,723,262
29,379
1982
6,370,801
21,669
